单细胞数据RunPCA降维分析前的scale操作,通常指对数据进行标准化或归一化处理,旨在消除不同基因或细胞之间的量纲或数量级的差异。这样做可以使得不同基因或细胞在降维后对PCA的贡献更加均衡,避免了那些具有高表达量的基因或高测序深度的细胞对PCA结果产生过大影响的情况。细胞基因检出数,低质量细胞基因检出数通常较低,双细胞或者同时捕获多个细胞会有很高的基因数。作者还计算了细胞周期评分,因为我们收集到的细胞可能处于不同的分裂时期,所以看周期是很有必要的,尤其是针对具体的研究目的。数据集:GSE164241。